Συχνά οι παραπάνω όγκοι ανιχνεύονται απροσδόκητα κατά τη διάρκεια μιας τακτικής ενδοσκόπησης. Οι υποεπιθηλιακές βλάβες είναι προεξέχουσες βλάβες που εξορμώνται από τις διάφορες στιβάδες-στρώματα του τοιχώματος του γαστρεντερικού σωλήνα. Η εσωτερική στιβάδα (βλεννογόνος), παραμένει στις περισσότερες περιπτώσεις ανέπαφη, σε αντίθεση με τη περίπτωση των πολύποδων του γαστρεντερικού σωλήνα, όπου διαπιστώνεται αρχικά αλλοίωση του βλεννογόνου και πιθανή διήθηση στις υπόλοιπες στιβάδες του τοιχώματος.
Η ενδοσκοπική εικόνα δίνει την εντύπωση μιας μάζας η οποία πιέζει το εσωτερικό τοίχωμα το οποίο είναι καλυμμένο με κανονική επιφάνεια βλεννογόνου.
Η διαφορική διάγνωση τέτοιων βλαβών περιλαμβάνει ένα ευρύ φάσμα , συμπεριλαμβανομένων των στρωματικών όγκων(GIST),των νευροενδοκρινών όγκων, της κύστης διπλασιασμού, του λιπώματος, του λειομυόματος, των κιρσών, του έκτοπου παγκρεατικού ιστού, και των συμπίεση από φυσιολογικές και ανώμαλες δομές. Οι παραπάνω όγκοι εντοπίζονται συνήθως στο στομάχι.
Ωστόσο, κάποιες φορές μπορεί να εμφανίσουν κάποιες επιπλοκές όπως αιμορραγία ή απόφραξη επιβάλλοντας περαιτέρω έρευνα και επεμβατική διαχείριση. Αν και ορισμένα ενδοσκοπικά χαρακτηριστικά μπορεί να υποδηλώνουν την ταυτότητα ενός τέτοιου όγκου, σχεδόν σε όλες τις περιπτώσεις απαραίτητη είναι η ιστολογική επιβεβαίωση τους. Η λήψη ιστολογικού υλικού δεν είναι πάντα εφικτή με συμβατικές μεθόδους λήψης βιοψιών, διότι ο παθολογικός ιστός βρίσκεται στο εσωτερικό τοίχωμα του γαστρεντερικού σωλήνα, ενώ ο βλεννογόνος δεν παρουσιάζει ιδιαίτερες ή καθόλου αλλοιώσεις. Σε αυτές τις περιπτώσεις σημαντικό ρόλο διαδραματίζει ο χρήση του ενδοσκοπικού υπερήχου.
Με την χρήση της παραπάνω μεθόδου είναι δυνατή η ακριβής εντόπιση και το μέγεθος του όγκου, η ανίχνευση ανησυχητικών σημείων που υποδηλώνουν κακοήθεια και η πιθανή εμφάνιση τοπικής ή απομακρυσμένης επέκτασης της νόσου.
Με τη δυνατότητα λήψης ιστολογικού υλικού με βελόνη (ΕUS-FNB) είναι εφικτός ο χαρακτηρισμός του όγκου και συνεπώς ο περαιτέρω προγραμματισμός της θεραπευτικής προσέγγισης. Τρεις είναι οι θεραπευτικές προσεγγίσεις ανάλογα με τον ακριβή τύπο και το μέγεθος του υποεπιθυλιακου όγκου α) καμία περαιτέρω ενέργεια, β)παρακολούθηση ανά τακτά χρονικά διαστήματα και γ)αφαίρεση της βλάβης- ενδοσκοπικά ή χειρουργικά.